- Segitiga Samakaki, melambangkan tiga landasan Pondok Pesantren yaitu, Iman, Islam, Ikhsan.
- Latar Belakang Hijau, melambangkan kesuburan Indonesia.
- Warna putih, melambangkan kesucian niat dalam perjuangan.
- Menara Masjid menjulang, melambangkan sifat kepemimpinan yang tegas dalam kondisi dan situasi bagaimanapun.
- Kitab, melambangkan tidak lepas dari ajaran Al Qur’an, Hadits, dan Kitab-Kitab Para Ulama Ahlusunah Waljama’ah.
- Bintang Sembilan :
- Bintang Sembilan, melambangkan Walisongo sebagai penyebar agama Islam di Indonesia.
- Satu Bintang Besar diatas Bumi, melambangkan Kepemimpinan Nabi Muhammad SAW.
- Sedangkan empat Bintang lainnya, melambangkan kepemimpinan Khulafaur Rasyidin.
- Empat Bintang lainnya, melambangkan empat Madzhab.
- Tali Simpul, melambangkan persatuan yang kokoh dan dua ikatan dibawahnya mengisyarakatkan hubungan yang erat antara manusia dengan manusia dengan Tuhan serta manusia dengan sesamanya.
- Bola Dunia, cita-cita pesantren menebarkan manfaat keseluruh Dunia.
- Nama Pesantren, dinisbatkan kepada Kanjeng Sunan Kalijaga.
- Puyut Indonesia, letak pesantren berada di Dusun Puyut, Desa Plalangan, Kecamatan Jenangan, Kabupaten Ponorogo, Provinsi Jawa Timur, Indonesia.
Koseptor Lambang
- Muhammad Busro M.Pd.i
- Eko Yoga Fahtul Kariem
- Muhammad Saifudin
- Halwan Akhidya Putra
